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Nesse mesmo ano, a Ilha foi palco de ataques na guerra civil, Revolta da Armada, iniciada em 06 de setembro de 1893.
Deodoro da Fonseca, Marechal, proclamador da República e seu primeiro Presidente, no primeiro momento, chefe do governo provisório, teve como Vice, outro alagoano, o Marechal Floriano Peixoto.
Por dificuldades no governo, Deodoro renunciou em 1891, assumindo Floriano, chamado o "consolidador da República". Também seu período não esteve isento de crises de que uma foi o movimento armado, chefiado pelos Almirantes Custódio José de Melo e Luís Felipe de Saldanha da Gama, que se consagrou como Revolta da Armada.
A Ilha serviu de base aos revoltosos e foi, por isso, bombardeada.
Ali estavam a Escola de Aprendizes Marinheiros n° 8, ao sudoeste da ponta da Ribeira, no lado leste do saco do Jequiá, formado pelas pontas do Matoso e da Coisa Má; os paióis de munições na ponta do Matoso, em frente à Ilha Seca, e o Asilo dos Inválidos da Marinha, próximo da Escola(...)
Na Ilha, supriam-se os navios revoltosos de gêneros frescos, carne, leite e água.